据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。　　为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，...

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...

　　持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当...

　　这部以新奥地区为舞台的特别篇，除了小智和小豪之外，以小光为首的令人怀念的伙伴们出场，策划着神秘计划的银河队、被称为神的宝可梦·阿尔宙斯也即将登场。...

　　善良的巴吉尔（梶裕貴配音）带领小精灵伊布（西村ちなみ配音）及其进化形态组成救援队，专门救治各种遇到困难的小精灵。在完成某次任务返程的路上，他的飞机出现故障，迫降在雪山绿松环绕的山谷。修好飞机后，他从善良的小女孩安娜（加藤英美里配音）及其爷爷的口中听说了他们的一次历险经历，关键时刻得到一只神秘的神奇宝贝的救助。这时，一名自称丹库（子安武人配音）的男子出现，他告诉大家那只小精灵名叫超梦（高岛礼子配...

　　这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？　　在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去了。“糟糕了！”皮卡丘赶紧要飞奔过去。可是，稍微注意一下就发现了皮卡丘所站的地方，是一个有著柱子的地方。向下方看去，就可以发现这是个好高好高的大楼。一不小心掉下去的话可就糟糕了。在那儿，有一群要将皮卡...

　　这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？　　在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去了。“糟糕了！”皮卡丘赶紧要飞奔过去。可是，稍微注意一下就发现了皮卡丘所站的地方，是一个有著柱子的地方。向下方看去，就可以发现这是个好高好高的大楼。一不小心掉下去的话可就糟糕了。在那儿，有一群要将皮卡...

　　在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。　　宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。　　小智、皮卡丘与他们相遇，驱...

　　小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。　　为了满足小美“想要妈妈...

　　小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色...