神盾局沦陷后，寇森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人，最重要的事情就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时，寇森领队，在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则成为了他们唯一的线索。寇森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头，也发觉自己的自控能力越来越差，死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危...

麦克（文特沃斯?米勒 Wentworth Miller 饰）为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯（多米尼克?珀塞尔 Dominic Purcell 饰）的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人...