某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利配音）和小新（矢岛晶子配音）等人和飞船一起消失在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙...

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年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。...

母亲要杀他,这个冲击让伊达京介觉醒潜在能力。在京介觉得失意时,岬真夜这个让人忍不住关怀的女子出现在他面前。两人关系越来越密切此时,迷的突变体军团「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企业「桐原体」的战斗机器人军团突然向他们攻击,为的是京介的双胞胎妹妹 琉奈为了保护妹妹和她的分身京介使用变身能力奋战着.........

出生在通灵世家的麻仓叶（佐藤佑子 配音），从小就被爷爷教导成为了一名通灵人。通灵人，即可以和神、精灵乃至往生者自由沟通，且借由这些神灵的能力来治疗或是破坏。这种能力被很多人所渴望拥有。从爷爷那，叶得知如果能从通灵王大赛中脱颖而出并胜出，即能得到精灵王，从而实现自己的任何愿望。一直信奉“船到桥头自然直”的叶也立下了志愿，朝着通灵王之路前进。 　　为了寻找自己的持有灵，叶转学来到了踏张之丘，认识了小山...